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方面规定不提折旧，十几年前购买的固定资产按提折旧的方法净值已无、但账面上固定基金仍是原值；再一方面，科研单位的固定资产大多是专用设备，并不能产生效益，非良性资产，如全转为经营性资产，会给以后的经营者经营带来很大困难。还有已出售给职工的住房，仍在固定资产中应该剔除。
2．把现有有形资产全部进行评估，按评估重置后的净资产登记为企业的注册资本。
优点：相对准确的反映了科研单位资产的真实价值，使注册资本后实际占的净资产一致。
缺点：
（1）评估所需时间较长，过程复杂。143号文件和197号文件要求，242家科研单位1999年7月1日转为企业，要在工商行政管理部门登记注册为企业法人。资产如果现在评估，那么登记注册必须在评估完成之后才能进行，很长一段时间也就拿不到营业执照，科研院会出现既不是企业又不是事业"真实"、可能会影响科研院所的正常工作。
（2）资产评估费用问题。大院大所的资产也较大，请中介机构进行资产评估，费用支出也不是一个小数，现在科研单位资金比较紧张，国家不给经费，科研单位自己不愿支出，可能也是一个难题。另外还有资产登记和印花税的问题。支出也很大。
3．科研单位的有形资产和无形资产同时进行评估，评估之后的净资产作为注册资本。科研单位的无形资产是不是有实物形态而能为单位提供某种权利的资产，主要包括：专利权、商标权、著作权、土地使用权、非专利技术、商誉和其他财产权利。按照《公司法》的规定，以工业产权非专利技术作价出资的金额不得超出公司注册资本的20%。1999年国务院颁发的《关于促进科技成果转化的若干规定》将这一比例上限提高到35%。
缺点：同上面的第二种方法。
4．按账面价值进行资产增减。此种方法以1999年6月30日的"资产负债表"为基础，加上没有入账的无形资产的价值，减去不良资产和应提的折旧等，以增减后净资产数，报国家财务部门批准，作为注册资本。这种方法既可以节约时间，简便手续，又真实反映了科研单位的实际资产状况。但此种方法要经过财政部门及国有资产管理部门的审批。
二、关于优惠政策
《国务院办公厅转发科技部等部门关于国家经贸管理的10个国家所属科研机构管理体制改革意见的通知》和科技部等12个部门联合印发《关于经贸委管理的10个国家局属科研机构管理体制改革实施意见》明确规定的优惠政策有八条：（1）原有正常事业费，继续拨付；（2）职工养老保险方面，根据"老人老办法，新人新办法"的原则进行；（3）非经营性建设基金继续由中央给予两年补助支持；（4）税收优惠方面，提出从1999年起5年内，免征企业所得税、免征技术转让收入的营业税、免征自用土地的城镇土地使用税；（5）享有自营进出口权；（6）享受国家支持科技型企业的待遇；（7）科研项目竞标的权利；（8）已批准科研项目按原计划实施。
以上优惠政策，属财务会计方面共有3项，应该认真分析。
1．税收优惠政策。5年内免征企业所得税、免征技术转让收入的营业税、免征自用土地的城镇土地使用税。上述税收优惠政策与改制之前相比并没有大的变化，（1）所得税，财税字[1994]001号中规定对科研单位技术性服务收入暂
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